TVA 1~6화, 신극장판 서의 내용을 따라감

제3사도 사키엘 등장 에피소드.
시기적으로는 5월 1~2째주를 배경으로 한다.

제4사도 샴셸 등장 에피소드.
시기적으로는 5월 3~4째주를 배경으로 한다.
첩보1부 소속 오퍼레이터인 후카미즈 나루미 중위에 의해 전략자위대 국방연구소 서버 해킹 업무가 해당 에피소드에서 진행되었으며, 이 과정에서 차후 후타고야마 작전에서 등장하게 된 포지트론 라이플과 전략자위대에서 비밀리에 개발중이던 제트 얼론이 서면상이지만 처음으로 등장하게 되었다.
NPC 유즈키 이오리와 유즈키 사오리가 전략자위대의 관련인이었던 것이 드러나게 된 에피소드. 해킹 과정에서 현 기술부장으로 재직중인 유즈키 이오리가 포지트론 라이플의 개발진 중 한명이었으며 국방연구소 소속이었단 것이 밝혀지게 되었다.

블루 퍼지 사태의 시작인 마루미치 광장 시위 진압사건 에피소드.
시기적으로는 6월 2~3째주를 배경으로 한다.
두 차례의 사도 습격과 섬멸 과정에서 생긴 인명피해 발생으로 가족을 잃은 주민들과, 예고되지 않은 재산피해를 보게 되어 큰 타격을 받은 제3신도쿄시 주민들이 모여 네르프 규탄 목적으로 벌인 마루미치 광장 시위를 와해시키는 것이 해당 에피소드 진행의 주 목표였다. 후카미즈 나루미 중위를 비롯한 첩보1부 전원이 투입되었으며, 해당 에피소드에서 진행된 시위는 초반에는 평화롭게 진행되었으나 세 번째 연설 도중 총격사태가 발생하였고, 이후 전략자위대의 등장으로 상황은 종결. 진압과정에서 민간인을 포함한 다수의 사상자가 발생하였다. 마루미치 광장 시위 진압사건에 대해선 기관 등에 의해 철저히 은폐되었으며, 당시 진압에 참여하거나 재직중이었던 직원들과 그 주변인을 제외하면 해당 사건에 대해 알고있는 도시 밖 일반인은 없다.
파일럿 진행의 경우 당시 제일중학교 운동회 행사가 진행되었으며, 파일럿 측에 해당 시위가 알려지는 걸 막기 위해 NPC 유즈키 사오리와 당시 세컨드 칠드런이었던 카시마 미츠루가 관여하였다.

제5사도 라미엘 등장 에피소드.
시기적으로는 6월 3~4째주를 배경으로 한다.
해당 사도 섬멸 과정에서 전일본에서 전력을 공수해 초장거리에서 사도를 저격하는 일명 후타고야마 작전이 진행되었다.
초반 대치 과정에는 초호기 파일럿인 카시와자키 나츠키와 영호기 파일럿인 요리미치 타카기가 출격하였으나 대치 과정에서 파일럿과 기체 모두 심각한 피해를 입게 되어 출격이 불가능해져, 해당 작전에는 파일럿으로 백업파일럿 타치바나 아유미와 당시 세컨드 칠드런이었던 카시마 미츠루만이 참여하게 되었다.
해당 작전을 고안한 후카미즈 나루미 중위는 이 에피소드 이후 승진, 대위로 진급하게 된다.

TVA 7~20화, 신극장판 파의 내용을 따라감.
분기에 따라 등장 사도 변동 예정

제6사도 사마엘 등장 에피소드.
시기적으로는 작전코드 840 에피소드 이후 약 5주가 지난 7월 말~8월 초를 배경으로 하고 있다.
크게 해외파트와 국내파트로 나뉘어 진행되었으며, 해외 파트 진행의 경우 북극에 파견되어 사령관 직통 임무를 수행하고 있던 첩보부장 미즈노미야 슈이치가 본부에 인원 증원을 요청하며 벌인 베타니아 베이스 잠입 작전이 주배경. 해당 에피소드에선 러시아령 북극에 소재한 네르프 유럽지부 소속 기지[스포주의]인 베타니아 베이스에 잠입하여 보관중인 '가방'을 탈환하고 가설 에반게리온 5호기 및 제6사도 사마엘을 공멸시키는 작전이 진행되었으며, 첩보부 소속 오퍼레이터인 후카미즈 나루미 대위와 당시 세컨드 칠드런이었던 카시마 미츠루가 해당 작전에 참여하였으나 진행 과정에서 핵심 계획이었던 사도 섬멸 및 기체 자폭에 실패, 그 결과 제6사도 사마엘이 기지 밖으로 탈출하게 되어 작전은 절반만 성공하게 된다.
한편, 전술작전부 부장인 유즈키 사오리와 기술부장 유즈키 이오리의 안내에 따라 구도쿄로 이동하게 된 파일럿들은 전략자위대 주관 시연회 에 초청받게 되었으며 이과정에서 일어난 제트 얼론 폭주 사태를 배경으로 국내파트 진행이 이루어지게 되었다. 시연 과정에서 특정 세력에 의해 관제실 해킹이 이루어졌으며, 이로 인해 JA 기체가 폭주, 다수의 사상자가 발생하였으나 초호기 파일럿 카시와자키 나츠키를 비롯한 파일럿 진영의 활약으로 JA 기체 저지에 성공. 더 큰 피해가 일어나는 걸 막는 데 기여하였다. 해킹 세력의 주체는 명확히 밝혀지지 않았으나 영호기 파일럿 요리미치 타카기에 의한 제트얼론 셧다운 과정에서 이들 세력이 인류보완위원회와 관련되있단 것이 밝혀지게 되었다.
NPC 미즈노미야 슈이치가 최초로 등장한 에피소드.

신요코스카 상륙 저지작전을 배경으로 한 에피소드.
시기적으로는 제트 얼론 폭주 사태 이후 2~3일이 지난 뒤를 배경으로 하고 있다.
원래대로라면 해당 에피에서 새로운 사도가 나왔어야 했으나 이전 에피소드에서의 사도 섬멸 실패로 인해 등장 사도가 변경, 제6사도 사마엘이 다시 등장하게 되었다. 주일미군과 유로 네르프의 협력을 얻어 진행된 제6사도 격퇴 및 2호기 수송과정 진행이 해당 에피의 주 내용.
해당 에피소드 진행 도중 일본 내에서는 방위대신 사와지마 타케오가 돌연 사임하는 일이 일어났고, 유럽 지역에서는 파리 지부를 중심으로 푸른 물결 시위가 일어났으며 해당 시위는 프랑스 정부의 국제연합 예산 삭감 및 네르프 일본 본부로의 에반게리온 2호기 운용권 이양으로 일단락되었다.
MPC 스메라기 히카루가 최초로 등장한 에피소드.

시기적으로는 신요코스카 상륙 저지작전 이후 3주 가까이 지난 8월 넷째주를 배경으로 한다.

시기적으로는 9월 1~2째주, 특히 9월 11일를 배경으로 한다.
스토리적으로는 Part1과 Part2로 나뉘어 진행되며, Part2의 시기적 배경은 9월 11일이다.

분기에 따라 14년 이후 시점에서 시작 가능성 존재

분기에 따라 세계관 이벤트와 결말 및 그 전개 양상 관련 변동 예정